NIHO je nezávislá odborná inštitúcia, ktorá vydáva hodnotenia a analýzy na základe ustálenej európskej metodiky podľa medicíny založenej na dôkazoch. Je to organizácia verejnej správy. Má zákonom nastavené financovanie a povinnosti tak, aby bola nezávislá od politiky a vplyvov priemyslu zdravotníckych technológií.

Hlavnou úlohou NIHO je prinášať do rozhodovacích procesov v zdravotníctve vedecký prístup a transparentnosť. Inštitút preštuduje veľké množstvo informácií, ktoré sú o danej téme dostupné, a spracováva ich do podoby pochopiteľnej pre rozhodujúce osoby alebo orgány. NIHO nevydáva rozhodnutia, táto právomoc zostáva na Ministerstve zdravotníctva SR.