Hlavná úloha
Hlavnou úlohou NIHO je prinášať vedecký prístup a transparentnosť do procesu kategorizácie. NIHO hodnotí technológie, ktorých držitelia registrácií žiadajú o kategorizáciu. Za týmto účelom preštuduje veľké množstvo informácií, ktoré sú o danej technológii dostupné a spracováva ich do pochopiteľnej podoby pre rozhodujúce osoby alebo orgány. Je poradným orgánom Ministerstva zdravotníctva SR a jeho kategorizačnej komisie. Vypočítava maximálnu cenu, za ktorú je Slovenská republika schopná technológiu podľa zákona hradiť. NIHO nevydáva rozhodnutia, táto právomoc zostáva Ministerstvu zdravotníctva SR.
Ďalšie úlohy
Ďalšou úlohou NIHO je zodpovedať rôzne otázky v oblasti zdravotníctva a tým prispieť k lepšej aplikácii najnovších poznatkov priamo v poskytovaní zdravotnej starostlivosti. Napríklad ako udržateľne nastaviť systém hradenia liekov vo výnimkovom režime; aká je na Slovensku dostupnosť onkologických liekov, ktoré majú najvyšší prínos; ako nastaviť systém rozdelenia liekov do jednotlivých úhradových skupín; ako optimalizovať liekovú legislatívu či množstvo otázok, ktoré so sebou nesú neštandardné situácie ako pandémia COVID-19. Vzdelávanie odborníkov v oblasti využitia medicíny založenej na dôkazoch je ďalším významným poslaním NIHO.
Spolupráca so zahraničím
Mnohé z otázok, na ktoré sa v zdravotníctve hľadá odpoveď, už boli zodpovedané a mnohé technológie boli hodnotené niektorou inou HTA inštitúciou. Spolupráca v tomto kontexte znamená, že je možné použiť hodnotenie zo zahraničia a upraviť ho do slovenského kontextu. Podobne aj hodnotenia vypracované NIHO môžu kedykoľvek použiť v zahraničí. To je hlavný dôvod, prečo sú naše hodnotenia vypracované aj v anglickom jazyku. Zároveň je možné na niektorých hodnoteniach pracovať v priamej koordinácii so zahraničnou HTA inštitúciou a rozdeliť si jednotlivé časti práce medzi sebou. Na základe nedávneho Nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) 2021/2282 z 15. decembra 2021 o hodnotení zdravotníckych technológií a zmene smernice 2011/24/EÚ, bude počnúc rokom 2025 spolupráca na klinických aspektoch HTA na európskej úrovni postupne zjednocovaná.